تقارن امامت آن حضرت با سال های پایانی حکومت جور بنی امیه و ضعف حکومت فرصتی فراهم کرد تا ان بزرگوار به تقویت بنیان های فکری و فرهنگی مسلمانان بپردازد.
در دروران زندگی امام محمدباقر(ع) و همچنین در دوران امامت فرزندش امام جعفر صادق (ع) بسیاری از علوم شکوفا شد و شاگردان این دو امام برخی از علوم را گسترش داده و علوم جدیدی را نیز ابداع کردند.
امام محمد باقر( ع) که فرهنگ تشیع را در انزوا و زیر چکمه جلادان اموی می دید دست به یک انقلاب وسیع فرهنگی زد و با تشکیل حوزوی علمیه وتربیت شاگردان برجسته فقه ال محمد و خط فکری تشیع را اشکار ساخت.
